t-SNE를 이용한 차원 감소 (Dimension reduction)

t-SNE를 이용한 차원 감소

조대협 (http://bcho.tistory.com)

PCA 기반 차원 감소의 문제점

앞의 글에서 차원 감소에 대한 개념과, 차원 감소 알고리즘의 하나인 PCA 알고리즘에 대해서 살펴보았다.

PCA의 경우 선형 분석 방식으로 값을 사상하기 때문에 차원이 감소되면서 군집화 되어 있는 데이타들이 뭉게져서 제대로 구별할 수 없는 문제를 가지고 있다. 아래 그림을 보자

출처 https://www.youtube.com/watch?v=NEaUSP4YerM

이 그림은 2차원에서 1차원으로 PCA 분석을 이용하여 차원을 줄인 예인데, 2차원에서는 파란색과 붉은색이 구별이 되는데, 1차원으로 줄면서 1차원상의 위치가 유사한 바람에, 두 군집의 변별력이 없어져 버렸다.

t-SNE

이런 문제를 해결하기 위한 차원 감소 방법으로는 t-SNE (티스니라고 읽음) 방식이 있는데, 대략적인 원리는 다음과 같다.

먼저 점을 하나 선택한다. 아래는 검정색점을 선택했는데, 이 점에서 부터 다른점까지의 거리를 측정한다.

다음 T 분포 그래프를 이용하여, 검정 점(기준점) 을 T 분포 상의 가운데 위치한다면, 기준점으로부터 상대점 까지 거리에 있는 T 분포의 값을 선택(위의 T 분포 그래프에서 파란점에서 위로 점섬이 올라가서 T분포 그래프상에 붉은 색으로 X 표가 되어 있는 값)하여, 이 값을 친밀도 (Similarity)로 하고, 이 친밀도가 가까운 값끼리 묶는다.

이 경우 PCA 처럼 군집이 중복되지 않는 장점은 있지만, 매번 계산할때 마다 축의 위치가 바뀌어서, 다른 모양으로 나타난다. 단 데이타의 군집성과 같은 특성들은 유지 되기 때문에 시각화를 통한 데이타 분석에는 유용하지만, 매번 값이 바뀌는 특성으로 인하여, 머신러닝 모델의 학습 피쳐로 사용하기는 다소 어려운점이 있다.

아래 그림은 같은 데이타로 t-SNE 분석을 각각 한번씩한 결과를 시각화 해서 표현한 결과 인데, 보는 것과 같이 군집에 대한 특성은 그대로 유지 되지만 값 자체는 변화가 된것을 확인할 수 있다.

sklearn 을 이용한 t-SNE 구현

전체 코드는 https://github.com/bwcho75/dataanalyticsandML/blob/master/dimension%20reduction/2.%20t-SNE%20visualization.ipynb 에 공개되어 있으니 참고하기 바란다.

# Perform the necessary imports
import matplotlib.pyplot as plt
from sklearn.manifold import TSNE

model = TSNE(learning_rate=100)
transformed = model.fit_transform(feature)

xs = transformed[:,0]
ys = transformed[:,1]
plt.scatter(xs,ys,c=labels)

plt.show()

사실 코드가 너무 간단해서 설명할것이 없다. TSNE 객체를 선언하고 학습속도 (learning_rate)를 지정한다음 fit_transform 하면 끝이다. (싸이킷런 만세…)

다음글에서는 차원 감소 방법중에 마지막을 Matrix Factorization (행렬 인수 분해) 방법에 대해서 알아보도록 하겠다.